Las actas de los plenos del Consejo Interterritorial que se celebraron antes del Estado de Alarma reflejan la preocupación de las comunidades autónomas ante la Covid-19 y cómo exigieron al Ministerio de Sanidad actuaciones comunes. En dicho pleno, varios consejeros de Sanidad mostraban su preocupación sobre la situación epidemiológica, ya que la mayoría de ellas sumaban ya un importante número de casos diarios de Covid-19. Asimismo, expresaban inquietud por la posible saturación del SNS y reclamaban en este sentido “decisiones a nivel nacional”.
El 14 de marzo de 2020, el Gobierno decretó el Estado de Alarma para combatir la transmisión del Covid-19. Desde entonces, tuvo lugar un confinamiento estricto de la población y Salvador Illa, exministro de Sanidad, fue nombrado autoridad competente delegada para gestionar la pandemia. De esta forma, aunque la gestión sanitaria la seguían ejerciendo las comunidades autónomas, Illa asumía un mando único.