El Ministerio de Sanidad ha publicado una nueva actualización sobre la situación epidemiológica de las variantes del SARS-CoV-2 en España. La variante Ómicron (B.1.1.529, detectada originalmente en Sudáfrica), continúa ampliando su dominancia en nuestro país (y a nivel global), tras desplazar en diciembre de 2021 a su predecesora, Delta (B.1.617.2, detectada originalmente en India).
Ómicron comprende los linajes BA.1, BA.1.1, BA.2 y BA.3. Esta variante presenta un alto número de mutaciones, algunas de las cuales estaban presentes en variantes ya detectadas previamente y varias que se han relacionado con un aumento de la transmisibilidad o con un cierto grado de escape a la respuesta inmune.
BA.1.1, deriva de BA.1 y presenta una mutación añadida en el gen de la espícula; BA.2 es el linaje de Ómicron que más diferencias presenta respecto a BA.1. Entre las mutaciones descritas para los linajes BA.1, BA.1.1 y BA.3 se encuentra la deleción 60-70 (presente también en Alfa), que produce el fallo de la amplificación del gen S con algunas técnicas de PCR. Esta mutación no está presente en el linaje BA.2.
Varios países han constatado un aumento reciente en la frecuencia del linaje BA.2. Todavía es pronto para extraer conclusiones firmes sobre las características de este linaje. Hasta ahora no se ha encontrado diferencias en el riesgo de hospitalización entre BA.1 y BA.2. Los primeros estudios de efectividad vacunal tampoco han encontrado diferencias entre ambos linajes.
De acuerdo con los datos de secuenciación asociados a muestreos aleatorios, el resto de variantes del virus se mantienen en niveles muy bajos de circulación. En las últimas cuatro semanas analizadas las otras variantes, en conjunto, alcanzan el 0,1% del total
Los cribados aleatorios mediante PCR específica para los linajes BA.1, BA.1.1 o BA.3 han detectado en la semana 6 de 2022 (7 de febrero a 13 de febrero de 2022), con datos de 15 comunidades autónomas, porcentajes relativos a Ómicron entre el 80,1 y el 100%.
Los cribados aleatorios en 10 comunidades autónomas en la semana 6 de 2022 (7 de febrero a 13 de febrero de 2022) para el linaje BA.2, muestran unos porcentajes entre 0,2 y 19%. Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 5 de 2022 (31 de enero a 6 de febrero de 2022) el porcentaje se sitúa en 100%.
Si atendemos a los datos sobre la variante Delta vemos que esta es más transmisible que la anterior variante de preocupación, Alfa (B.1.1.7, detectada originalmente en Reino Unido), y presenta una ligera disminución de la efectividad de la vacuna.
De acuerdo con los muestreos aleatorios de casos compatibles estimado por PCR en la semana 6 de 2022 (7 de febrero a 13 de febrero de 2022), con datos de 13 comunidades autónomas, el porcentaje se encontraba entre cero y el 5%. Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 5 de 2022 (31 de enero a 6 de febrero de 2022), el porcentaje se sitúa en cero por ciento.
De acuerdo con los datos de secuenciación asociados a muestreos aleatorios, el resto de variantes del virus se mantienen en niveles muy bajos de circulación. En las últimas cuatro semanas analizadas las otras variantes, en conjunto, alcanzan el 0,1% del total.