El Ministerio de Sanidad ha publicado una nueva actualización de la situación epidemiológica de las variantes del SARS-CoV-2 en España. De acuerdo con el documento, la variante Ómicron (B.1.1.529, detectada originalmente en Sudáfrica) es la predominante en nuestro país. Esta posee una mayor capacidad de escape inmune respecto a las variantes previas, así como mayor capacidad de transmisión, aunque la evidencia indica que la gravedad de las infecciones es menor.
El linaje BA.1 es el predominante en España, aunque BA.2 está demostrando una ventaja de crecimiento en varios países. Los cribados aleatorios mediante PCR específica para los linajes BA.1, BA.1.1 o BA.3 han detectado en la semana 4 de 2022 (24 a 30 de enero de 2022), con datos de 14 comunidades autónomas, porcentajes entre el 83,3 y el 99,8%. Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 3 de 2022 (17 a 23 de enero de 2022) el porcentaje se sitúa en 99%.
BA.1 es el linaje mayoritario y, por lo tanto, las características descritas para la variante Ómicron se corresponden con las de este linaje. BA.1.1, deriva de BA.1 y presenta una mutación añadida en el gen de la espícula; BA.2 es el linaje de Ómicron que más diferencias presenta respecto a BA.1.
Entre las mutaciones descritas para los linajes BA.1, BA.1.1 y BA.3 se encuentra la deleción 60-70 (presente también en Alfa), que produce el fallo de la amplificación del gen S con algunas técnicas de PCR. Esta mutación no está presente en el linaje BA.2.
El resto de variantes del virus se mantienen en niveles muy bajos de circulación. En las últimas cuatro semanas analizadas las otras variantes, en conjunto, alcanzan el 0,2% del total
Los cribados aleatorios en siete comunidades autónoma en la semana 4 de 2022 (24 a 30 de enero de 2022) para el linaje BA.2, muestran unos porcentajes entre 0,2 y 1,3%.
Aunque es pronto para establecer las características fenotípicas de este linaje, un estudio preliminar en Dinamarca no ha encontrado diferencias en el riesgo de hospitalización entre BA.1 y BA.2. Los primeros estudios de efectividad vacunal en Reino Unido tampoco han encontrado diferencias entre ambos linajes. En España, a fecha de 4 de febrero de 2022 se han registrado 15 casos confirmados de BA.2 en el Sistema de Vigilancia en España (SiViEs).
Hasta diciembre de 2021 la variante Delta (B.1.617.2, detectada originalmente en India) se erigía como la dominante, pero se ha visto desplazada por Ómicron. La variante Delta cuenta con una mayor capacidad de transmisión que su antecesora, Alfa (B.1.1.7, detectada originalmente en Reino Unido), y una ligera disminución de la efectividad de las vacunas contra la Covid-19.
De acuerdo con los muestreos aleatorios de casos compatibles estimado por PCR en la semana 4 de 2022 (24 a 30 de enero de 2022), con datos de 13 comunidades autónomas, el porcentaje se encontraba entre cero y 1,9%. Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 3 de 2022 (17 a 23 de enero de 2022), el porcentaje se sitúa en 1%.
De acuerdo con los datos de secuenciación asociados a muestreos aleatorios, el resto de variantes del virus se mantienen en niveles muy bajos de circulación. En las últimas cuatro semanas analizadas las otras variantes, en conjunto, alcanzan el 0,2% del total.