Epicentro global de la pandemia

La secuenciación del SARS-CoV-2, clave en la nueva ola de la pandemia que golpea Europa

El ECDC alerta del peligro que supone el aumento de la circulación del virus en el continente europeo que podría favorecer el surgimiento de una nueva variante del SARS-CoV-2.

Científico analizando muestras de sangre (Foto. Freepik)
Científico analizando muestras de sangre (Foto. Freepik)

time 5 min

24.11.2021 - 13:00

La Organización Mundial de la Salud (OMS) mostraba su preocupación el pasado 20 de noviembre ante el incremento de nuevos casos de Covid-19 que se reportan desde el continente europeo, que se sitúa ya como el epicentro global de la pandemia. El director regional para Europa de la OMS, el doctor Hans Kluge, pronosticaba que, en caso de no adoptar de forma inminente medidas y restricciones que permitan controlar la pandemia, el viejo continente podría sumar hasta medio millón de fallecidos por Covid-19 para marzo de 2022.

Europa continúa siendo la región con mayor incremento de casos y fallecidos tras sumar 2,1 millones de nuevos infectados (8% más que en la semana anterior) y más de 28.000 muertes (un 5% más que la semana anterior). Si algo hemos aprendido del SARS-CoV-2 durante este año y medio de pandemia es que, cuanto mayor sea la circulación del virus, mayores son las posibilidades de que origine mutaciones que puedan dar lugar al surgimiento de una variante.

“Con la alta transmisión que hay en este momento, siempre hay un riesgo de nueva variante”, declaraba recientemente Andrea Ammon, directora del Centro Europeo para la Prevención y Control de Enfermedades (ECDC, por sus siglas en inglés). “Estamos realmente siguiendo muy de cerca, estamos apoyando a los países a aumentar los esfuerzos de secuenciación para asegurar que, si hay una variante, es detectada muy pronto”, aseguraba en una entrevista concedida a la BBC.

De acuerdo con los datos públicos de GISAID, la variante Delta del SARS-CoV-2 (B.1.617.2, detectada originalmente en India), es la que domina en la mayoría de países. En el caso de Europa reporta una absoluta dominancia con países en los que representa el 100% de las muestras secuencias, como son los casos de Alemania, Dinamarca, Países Bajos o Portugal, y otros cercanos a la práctica totalidad como son Francia (98,8%), Suecia (99,8%), Italia (99,1%), España (99,1%) o Polonia )99,9%).

La OMS clasifica las variantes del SARS-CoV-2 en tres grupos. El primero lo conforman las variantes de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés) que son aquellas que, debido a sus características, son más transmisibles, pueden provocar una enfermedad más grave o tener cierto escape inmunitario. Dentro de este grupo, además de Delta, aparecen Alfa (B.1.1.7, detectada originalmente en Reino Unido), Beta (B.1.351, detectada originalmente en Sudáfrica) y Gamma (P.1, detectada originalmente en Brasil).

“Con la alta transmisión que hay en este momento, siempre hay un riesgo de nueva variante”

El segundo grupo lo componen las variantes de interés (VOI, por sus siglas en inglés). Estas presentan cambios en el genoma que se ha demostrado o se prevé que puedan aumentar su transmisibilidad, gravedad de la enfermedad o escapar la respuesta inmune. Actualmente solo Lambda (C.37, detectada originalmente en Perú) y Mu (B.1.621, detectada originalmente en Colombia) se consideran VOI.

El tercer y último grupo es el formado por las variantes que se encuentran bajo vigilancia.

Por el momento, Delta continúa siendo la variante dominante no solo en el viejo continente sino a nivel global. La detección temprana y seguimiento de cualquier nueva variante del SARS-CoV-2 es vital para controlar la pandemia. 

EL ECDC AUMENTA EL APOYO A LOS PAÍSES

La secuenciación genómica del virus, a través de las muestras recogidas de personas contagiadas, es fundamental para conocer el devenir del coronavirus y cuál es su evolución. Motivo por el que el ECDC anunciaba a principios del mes de septiembre la aportación de 77 millones de euros a 24 países pertenecientes a la Unión Europea (UE) y del Espacio Económico Europeo (EEE) con el fin de fortalecer sus capacidades de detección e identificación de las variantes del SARS-CoV-2.

“El objetivo inmediato es reforzar las capacidades de los países para la detección temprana y un mejor seguimiento de las variantes del SARS-CoV-2 emergentes y conocidas”, explica el ECDC a través de un comunicado. Este apoyo es una respuesta a la solicitud formulada por parte de la Comisión Europea al ECDC para implementar una serie de actividades que se lanzaron como parte de la Incubadora HERA con el fin de realizar un seguimiento de las variantes.

“El objetivo inmediato es reforzar las capacidades de los países para la detección temprana y un mejor seguimiento de las variantes del SARS-CoV-2 emergentes y conocidas”, explica el ECDC

“A través de la implementación de estos proyectos, los Estados miembros podrán aumentar significativamente su capacidad para detectar y monitorizar las variantes del SARS-CoV-2”, expresaba Ammon. “A más largo plazo, también se espera que esta infraestructura fortalecida contribuya a mejorar la investigación, la vigilancia y la preparación de brotes, así como de otras enfermedades infecciosas, y ayudará a abordar futuros brotes y pandemias transfronterizas”.

El ECDC brinda también a los Estados miembros de la UE/EEE y países vecinos acceso a servicios subcontratados de secuenciación del genoma completo de muestras del SARS-CoV-2. Entre los meses de febrero y agosto de 2021 se han procesado más de 65.000 muestras procedentes de 13 países. Se trabaja para la implementación de un programa transfronterizo de apoyo al fomento de la capacidad centrado en un mayor apoyo y formación de laboratorio.

¿POR QUÉ ES FUNDAMENTAL LA SECUENCIACIÓN?

La secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 se ha erigido desde el inicio de la pandemia como una de las mejores herramientas para hacer frente al virus y controlar su propagación. Conocer cómo se están diseminando las distintas variantes es fundamental a la hora de coordinar y establecer medidas orientadas a mitigar su difusión.

El SARS-CoV-2, como cualquier otro virus, produce mutaciones cada vez que se multiplica dentro de una célula, pero presenta una estabilidad de secuencia superior a otros virus como el de la gripe debido a que dispone de un mecanismo intrínseco de corrección de errores durante la replicación del virus. Se trata de una proteína codificada en la orf1ab denominada nsp14 (ExoN) con actividad 3′–5′ exonucleasa que mantiene la estabilidad del genoma vírico y permite la escisión de errores, por lo que los coronavirus están acumulando mutaciones mucho más lentamente que otros virus ARN, explica el Ministerio de Sanidad a través de un documento.

En otro documento publicado por el Ministerio de Sanidad bajo el título de “Información microbiológica acerca de SARS-CoV-2” explica que “la tasa estimada de mutación del virus es similar a otros virus del orden de los Nidovirales pero menor que otros ARN virus ya que poseen un mecanismo intrínseco de corrección para corregir errores de replicación del que otros ARN virus carecen”, tal y como se ha referido anteriormente.

Este es el motivo por el que el SARS-CoV-2 evoluciona de forma más lenta que otros virus ARN conocidos como el de la gripe o el VIH. Su tasa de evolución se sitúa aproximadamente en dos cambios de nucleótidos cada mes. “Por este motivo existe una gran homología entre los genomas completos de SARS-CoV-2, por lo que no se espera una evolución similar al virus de la gripe”. Sin embargo,” se han detectado varias mutaciones respecto a la considerada secuencia de referencia. La identificación con una mayor frecuencia de determinadas homoplasias (mutaciones repetidas surgidas de manera independiente) podría considerarse un indicio de que el virus se encuentra en fase de adaptación a un nuevo huésped”.

Porque salud necesitamos todos... ConSalud.es

Escribir un comentario (0)

Recibe la Newsletter de ConSalud.es

Todos los días y de forma gratuita la newsletter con toda la información del sector sanitario

Esta web utiliza 'cookies' propias y de terceros para ofrecerte una mejor experiencia y servicio. Más información Acepto