Secuenciación genómica, elemento fundamental

Vigilancia de los virus respiratorios en Europa: claves ante un horizonte repleto de desafíos

El ECDC, la OMS y las redes europeas de vigilancia de la Covid-19 y la gripe han elaborado un documento de recomendaciones para reforzar el papel de los sistemas centinela en la vigilancia integrada y resiliente de los virus respiratorios.

Prueba PCR (Foto. JCCM   Archivo)
Prueba PCR (Foto. JCCM Archivo)

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04.08.2022 - 00:00

El Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades (ECDC, por sus siglas en inglés), la Oficina Regional para Europa de la Organización Mundial de la Salud (OMS) y las redes europeas de vigilancia de la Covid-19 y la gripe coinciden en la urgente necesidad de desarrollar y mantener una vigilancia integrada y resiliente en la población para la gripe y la Covid-19, así como para otros virus respiratorios en el continente europeo.

Los sistemas integrados de vigilancia respiratoria efectivos deben proporcionar datos suficientes para monitorizar la propagación y la intensidad de los virus respiratorios, y guiar las medidas de control orientadas a mitigar su impacto. Unos sistemas que se erigen como fundamentales ante el surgimiento de nuevos virus respiratorios, especialmente aquellos con potencial epidémico y/o pandémico.

En este sentido los referidos organismos inciden en que los sistemas de vigilancia centinela tienen que estar bien diseñados e implementados desde la Atención Primaria y continuar siendo el eje vertebral de los mecanismos de vigilancia de las infecciones respiratorias agudas. Estos sistemas centinela proporcionan datos epidemiológicos sólidos recopilados de forma rutinaria utilizando definiciones de casos sindrómicos comunes con denominadores confiables y pruebas microbiológicas integrales que pueden extenderse a múltiples virus. Hecho que los posiciona como base para la evaluación integrada del impacto de la influenza, la Covid-19 y, potencialmente, otras infecciones provocadas por virus respiratorios.

Los reguladores enfatizan en que estos sistemas de seguimiento tienen que ser capaces de proporcionar estimaciones precisas a nivel nacional y regional de indicadores de gravedad, como hospitalizaciones, ingresos en UCI y mortalidad. Al mismo tiempo, estos sistemas deben contar con la suficiente sensibilidad para detectar nuevas variantes de los virus, monitorizar con precisión la incidencia de las enfermedades que provocan atendiendo a la gravedad, edad y zona geográfica de los pacientes, así como permitir la evaluación de la eficacia de la distintas vacunas que se estén administrando a la población.

La pandemia provocada por el SARS-CoV-2 ha puesto de relieve un importante número de carencias en términos de prevención. Razón por la que desde el ECDC indican que se requiere priorización estratégica y financiación sostenida para expandir y desarrollar aún más los sistemas centinela para que se ajusten a su propósito. En este sentido insta a los países a mejorar el número de pruebas realizadas así como la representatividad de los distintos grupos poblacionales.

La pandemia provocada por el SARS-CoV-2 ha puesto de relieve un importante número de carencias en términos de prevención. Razón por la que desde el ECDC indican que se requiere priorización estratégica y financiación sostenida para expandir y desarrollar aún más los sistemas centinela para que se ajusten a su propósito

Otro de los grandes aprendizajes que nos deja la pandemia es la importancia de la secuenciación genómica. Motivo por el que desde el ECDC se solicita la integración de la monitorización genómica dentro de las estrategias generales de monitorización de los virus respiratorios. “Siempre que sea posible, se deben secuenciar todas las muestras de vigilancia centinela que den positivo en influenza o SARS-CoV-2”, recoge el documento elaborado. “También se debe secuenciar una muestra cuidadosamente seleccionada (equilibrada entre grupos de edad, geografía y espectro clínico, incluidos entornos de Atención Primaria y secundaria) de muestras positivas para el virus de la influenza y el SARS-CoV-2 de sistemas no centinela y basados ​​en registros para conseguir los volúmenes de secuenciación deseados”.

Para lograr una mayor caracterización del virus se recomienda compartir un subconjunto de muestras de sistemas centinela y no centinela con los Centros Nacionales de Influenza, los laboratorios de referencia del SARS-CoV-2 y los laboratorios de referencia de la OMS.

“Las muestras que den positivo para virus de influenza y SARS-CoV-2 de grupos de población y entornos específicos (vigilancia dirigida) deben secuenciarse con el fin de detectar señales de aparición de nuevas variantes de virus con características potencialmente modificadas”, recomiendan.

Las secuencias de consenso para el SARS-CoV-2 y los virus de la influenza deberán depositarse en la base de datos GISAID. Si están disponibles, los datos sin procesar de las secuencias de SARS-CoV-2 deben depositarse en el portal de datos de COVID-19 a través del Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA, por sus siglas en inglés).

“Debe mantenerse la recopilación de datos durante todo el año y la notificación al Sistema Europeo de Vigilancia (TESSy) de los sistemas centinela y no centinela para poder identificar rebrotes y brotes durante los meses de verano”, recalcan desde el ECDC.

“Durante la temporada de invierno 2022/23, habrá una disparidad considerable en el nivel de implementación de la vigilancia respiratoria integrada entre los países de la región europea. Por lo tanto, los datos deben interpretarse con cautela y la debida consideración de las diferencias y limitaciones de los sistemas de vigilancia subyacentes”, concluyen sus recomendaciones.

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