Los últimos acontecimientos ponen en el aire cuál será la relación entre el titular de Sanidad catalán y el Ministerio de Sanidad, y si Comín acudirá a las próximas reuniones entre comunidades autónomas y el Ejecutivo central. Ya en el encuentro, su presidente, Carles Puigdemont, no acudía en enero de este año a la Conferencia de presidentes convocada por Mariano Rajoy.
Toni Comín, en una reunión en marzo con Montserrat, pedía a la ministra que diera luz verde a la ley de acceso universal a la salud una vez fuera aprobada en el Parlamento catalán
Aun sin saber si Toni Comín seguirá ahora los pasos del presidente de la Generalitat, el titular de Sanidad catalán ha participado hasta ahora en todos los Consejos Interterritoriales celebrados desde su entrada en el cargo autonómico. En total han sido dos, uno el 13 de abril de 2016 con Alfonso Alonso al mando del Ministerio de Sanidad y otro, el pasado 21 de junio, con Dolors Montserrat como ministra del ramo. 
En su estreno ministerial, Comín solicitaba al Gobierno un compromiso con las comunidades autónomas para la retirada del real decreto de prescripción enfermera por un problema de forma. Asunto todavía sin resolver, pese a ser protagonista de uno de los puntos del orden del día en el Consejo Interterritorial del 21 de junio. En esta última reunión entre consejeros y Ministerio de Sanidad, la participación de Comín fue ya menos activa que en otras ocasiones. De hecho, ni el consejero de Salud de Cataluña ni la propia Consejería realizaron una valoración a posterior de lo que se decidió en este encuentro, a pesar de la expectación que había suscitado por la acumulación de temas que quedaban por resolver.
No obstante, Toni Comín, en una reunión en marzo con Dolors Montserrat en Barcelona, pedía a la ministra de Sanidad que diera luz verde a la ley de acceso universal a la salud una vez fuera aprobada en el Parlamento de Cataluña y pedía más financiación para el sistema sanitario de Cataluña. Por su parte, Montserrat le invitaba a unirse al futuro Pacto de Estado por la Sanidad, demanda que cada vez queda más lejos.
LA EMA: NEXO ENTRE CATALUÑA Y EL GOBIERNO CENTRAL
Si en algo Comín se ha mostrado más complaciente con el Ejecutivo central es con su propuesta de Barcelona como ciudad española para albergar la sede de la Agencia Europea del Medicamento. Las reuniones entre la ministra de Sanidad y el titular autonómico de Sanidad han sido varias. Una de los últimos encuentros tuvo lugar en Londres el pasado mes de mayo, donde visitaron la actual sede y ambos mostraron su optimismo ante la posibilidad de que la Ciudad Condal sea la elegida por la Comisión Europea. Comín señalaba entonces que "la calidad de la investigación, de la red asistencial, de la innovación y de la industria de Cataluña hacen de Barcelona la candidata ideal para acoger la EMA" y Montserrat afirmaba que "Barcelona cumple todos los requisitos que exige la Unión Europea para albergar la futura sede".
Hasta el momento, solo eldoble atentado de Barcelona ha vuelto a unir al consejero y la ministra. No en la manifestación en protesta llevada a cabo en la Ciudad Condal y a la que acudieron el Ejecutivo central y políticos de la distintas comunidades autónomas, donde no coincidieron, sino en la visita a los hospitales para conocer el estado de los afectados.
