Algunas personas que se infectaron por el Covid-19 pueden tener efectos a largo plazo por la infección, conocidos como afecciones persistentes y que no afectan a todos de la misma manera. Los síntomas pueden ser diferentes según la persona y afectar a distintas partes del cuerpo. Los expertos apuntan que puede sufrirse desde fatiga o fiebre, dolor torácico, dolores de cabeza, tos o dolor de estómago entre otros.
Ahora, un equipo de investigadores del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio, centro mixto de la Universitat de València y el Consejo Superior de Investigaciones Científicas) y otros centros españoles ha creado un software que permite analizar la evolución del SARS-CoV-2 dentro de pacientes que sufren infecciones crónicas por este virus.
En un futuro se podría aplicar VIPERA a pacientes con otros virus como el VIH o bacterias como Mycobacterium tuberculosis
La herramienta VIPERA (Viral Intra-Patient Evolution Reporting and Analysis) ha sido descrita en la revista Virus Evolution y evalúa la evolución de muestras seriadas durante la infección a través del informe que se genera automáticamente.
Se trata de una herramienta intuitiva y escalable que facilita el acceso a los análisis evolutivos más avanzados: permite a cualquier profesional hacer un seguimiento de las diferentes poblaciones del virus dentro de un mismo paciente y estudiar sus cambios adaptativos asociados a su transmisibilidad, patogenicidad o a la administración de tratamientos.
En el proyecto también han participado el Departamento de Microbiología Clínica del Hospital Clínico de Barcelona, el CIBER de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC), el Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC) y el CIBER de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP).
"Con el informe generado se puede analizar cómo evoluciona el virus a lo largo de la infección"
"Tras validar el software con conjuntos de datos conocidos, lo hemos aplicado con éxito a un nuevo caso, y hemos conseguido revelar interesantes dinámicas poblacionales y evidencias de evolución adaptativa”, explica Mireia Coscollá, investigadora de I2SysBio. Además, apunta que en el futuro quieren aplicar VIPERA al estudio de otros organismos que afectan de forma sostenible al mismo paciente, como el VIH o bacterias como Mycobacterium tuberculosis.
La importancia de este trabajo radica en que analiza las infecciones crónicas, más patógenas o transmisibles, como fuente potencial de nuevas variantes de SARS-CoV-2 preocupantes. "Con el informe generado se puede analizar cómo evoluciona el virus a lo largo de la infección", asevera Miguel Álvarez Herrera, investigador del I2SysBio y primer firmante del artículo.
El sistema VIPERA es sencillo de usar, de código abierto, escalabre y genera un informe fácilmente interpretable
Hasta ahora no existía ninguna herramienta que integrara y estandarizara el análisis de la evolución intrapaciente del SARS-CoV-2. El uso de VIPERA es sencillo y genera un informe fácilmente interpretable. Además, es de código abierto y escalable. "Aplicando esta herramienta, hemos analizado en profundidad una infección crónica, revelando la aparición de mutaciones asociadas a escape inmune y variantes preocupantes", destaca Jordi Sevilla, co-primer firmante del artículo.
Este trabajo forma parte del proyecto CNS2022-135116, que ha sido financiado por la Unión Europea NextGeneration EU/PRTR, el Ministerio de Ciencia e Innovación, la Generalitat Valenciana, el Consejo Europeo de Investigación, el Ministerio de Industria y Competitividad, y por Fondos FEDER. El trabajo computacional se ha llevado a cabo en Garnatxa, el clúster de computación de alto rendimiento (HPC) del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio).