La pandemia provocada por el SARS-CoV-2 ha acelerado, en muchos aspectos, desarrollos científicos y tecnológicos que, de otra manera, puede que hubiesen tardado más tiempo. El mejor ejemplo lo encontramos en el hito que ha supuesto el desarrollo de varias vacunas seguras y eficaces contra la Covid-19. En el campo de la tecnología, la telemedicina ha experimentado un significativo impulso que ha impulsado importantes avances en términos asistenciales.
La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha reiterado en numerosas ocasiones el papel fundamental que la secuenciación genómica del SARS-CoV-2 tiene no solo para controlar el devenir de la pandemia, sino para poder identificar de forma temprana posibles mutaciones en el virus que puedan tener repercusiones posteriores en materia de salud pública. El ejemplo más reciente lo encontramos con la variante Ómicron (B.1.1529).
Esta fue detectada por primera vez en Sudáfrica el 24 de noviembre de 2021 y en poco más de un mes ha conseguido erigirse como dominante en la práctica totalidad de los países. Tanto la OMS como el Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades (ECDC, por sus siglas en inglés) realizan importantes labores de monitorización de las distintas variantes del coronavirus e instan a las naciones a secuenciar el mayor número posible de muestras. En esta ardua tarea un equipo de investigadores del Imperial College de Londres ha desarrollado una herramienta que permite evaluar la amenaza que representan las variantes en tiempo real.
Antes de profundizar en su mecanismo, conviene recordar que la OMS clasifica las variantes del SARS-CoV-2 en tres grupos: “de preocupación” (VOC, por sus siglas en inglés), “de interés” (VOI, por sus siglas en inglés) y “bajo vigilancia”. Lo que determina que las variantes se clasifiquen en uno u otro grupo depende de factores como su capacidad mayor de transmisión, que provoquen una enfermedad más grave o que cuenten con capacidad mejorada para evadir la respuesta inmunitaria generada tanto a través de las vacunas como por la infección natural.
Retomando la nueva herramienta, esta ha sido bautizada como MV-EpiEstim. Puede utilizarse para estimar la ventaja en términos de transmisión de las nuevas variantes del coronavirus. Sus creadores informan a través de un comunicado de que estamos ante una herramienta útil para los programas de vigilancia que se están utilizando en todo el mundo para monitorizar la expansión de la variante Ómicron.
“Poder estimar rápidamente la transmisibilidad de las nuevas variantes del SARS-CoV-2, incluida la B.1.529, es fundamental para una respuesta oportuna. Hemos diseñado una herramienta gratuita, genérica y rápida para estimar la ventaja de transmisión de nuevas variantes en tiempo real”
La herramienta ha sido diseñada en colaboración con la Universidad de Sussex. Su funcionamiento se basa en estimar en tiempo real la ventaja de transmisión efectiva de una nueva variante en comparación con otras variantes que se utilizan como referencia. Un sistema que puede emplearse como un primer e importante paso para cualificar la amenaza que pueden suponer las variantes del virus.
La herramienta puede combinar información en múltiples ubicaciones y a lo largo del tiempo. Ha sido validada mediante simulaciones exhaustivas diseñadas para imitar una variedad de contextos epidémicos en tiempo real.
Sus creadores han utilizado también la herramienta para analizar retrospectivamente la variante Alfa (B.1.1.7, detectada originalmente en Reino Unido). A través de este análisis se ha descubierto que la variante Alfa es entre 1,29 y 1,46 veces más transmisible que la cepa original identificada en Wuhan (China) en diciembre de 2019. Los investigadores expresan que su herramienta podría haber estimado la ventaja de transmisión efectiva de la variante Alfa algunas semanas antes de la primera estimación publicada.
Hallaron además que las variantes Beta (B.1.351, detectada originalmente en Sudáfrica) y Gamma (P.1, detectada originalmente en Brasil) combinadas son 1,25 veces más transmisibles que la cepa original, mediante la utilización de datos de secuenciación procedentes de Francia. Todos los resultados coincidieron con las estimaciones científicas anteriores, pero podrían haberse obtenido de forma más temprana y sencilla mediante esta herramienta de código abierto.
“Poder estimar rápidamente la transmisibilidad de las nuevas variantes del SARS-CoV-2, incluida la B.1.529, es fundamental para una respuesta oportuna. Hemos diseñado una herramienta gratuita, genérica y rápida para estimar la ventaja de transmisión de nuevas variantes en tiempo real”, declara la doctora Anne Cori, modeladora matemática y estadista del Centro de Análisis de Enfermedades Infecciosas Globales del Consejo de Investigación Médica (MRC, por sus siglas en inglés).
“Requiere entradas simples y ha sido ampliamente probado. Está implementado en el popular paquete EpiEstim R. Espero que sea ampliamente adoptado por los organismos de salud pública de todo el mundo y contribuya a la rápida caracterización de nuevas variantes. Nuestra herramienta solo requiere datos de incidencia específicos de la variante. En el panorama actual de cambio constante, proporciona una manera rápida y fácil de monitorizar el riesgo que representan las nuevas variantes”, concluye.