PICNIC, un nuevo software que predice la progresión del cáncer colorrectal

Esta herramienta permite generar una imagen celular de la propagación del cáncer, gracias a un sistema de modelización que emplea datos de secuenciación genética.

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9 julio 2016 | 00:01 h
PICNIC, un nuevo software que predice la progresión del cáncer colorrectal
PICNIC, un nuevo software que predice la progresión del cáncer colorrectal
El colorrectal es el segundo tipo de cáncer más habitual en el mundo y su incidencia se está incrementando en los países desarrollados. En España, en concreto, lo sufren cerca de 90.000 personas, hay 32.000 casos nuevos al año y, teniendo en cuenta todas las edades, se da en dos de cada mil ciudadanos. No obstante, si se detecta a tiempo, los últimos estudios indican que puede curarse en más del 90% de los casos.

Asimismo, se trata, después del de mama, del segundo tipo de cáncer más común en mujeres y el tercero en hombres, después del de pulmón y próstata. Valorando ambos sexos, constituiría un 15% de todos los cánceres diagnosticados y la mayoría de casos se registran entre los 65 y los 75 años. No obstante, también hay casos entre los 35 y 40 años, normalmente por predisposición genética.

Acertar en la elección del tratamiento, algo en lo que se ha avanzado bastante en los últimos años, es fundamental para la supervivencia de los pacientes y es ahí precisamente donde entra en juego PiCnIc, un nuevo avance científico del que ha dado cuenta recientemente en la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).

PiCnIc detecta regularidades que se dan tanto en el origen como en el desarrollo del tumor
Se trata de una herramienta digital capaz de predecir la progresión de esta enfermedad. Y es que, como apuntan los expertos, conocer de manera precisa la manera en que va a avanzar la afección permite seleccionar el tratamiento preciso con el que atacar el cáncer. Así, PiCnIc detecta regularidades que se dan tanto en el origen como en el desarrollo del tumor, abriendo nuevos caminos para elegir terapias efectivas y asimismo conocer las causas y factores que propician su aparición.

Una investigación internacional en la que han participado diversos expertos españoles, entre los que destacan el catedrático Víctor Moreno, de la Facultad de Medicina de la Universidad de Barcelona, o la experta en bioinformática Rebeca Sanz Pamplona, del Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge.


DETECTANDO ALTERACIONES EN EL GENOMA DEL TUMOR

El investigador Bud Mishra, de la Universidad de Nueva York y también implicado en el proyecto, explica -según lo recogido en el comunicado difundido por la Universidad de Barcelona (UB)- que este nuevo modelo informático “ayuda a predecir cómo irá cambiando con el tiempo el genoma del tumor”.

"Este nuevo modelo informático ayuda a predecir cómo irá cambiando con el tiempo el genoma del tumor”
Por su parte, y en este sentido, Moreno apunta que “como en la mayoría de tumores, el colorrectal se caracteriza por grandes alteraciones cromosómicas y mutaciones puntuales” y añade que “estos factores en la escala del ADN después generan alteraciones importantes en el ARN y en el metabolismo de las células tumorales”.

En el comunicado de la UB se explica que, tradicionalmente, se pensaba que el cáncer comenzaba por culpa de una célula rebelde y, su extensión, se debía en gran medida a una serie de interacciones genética autónomas. Específicamente, mutaciones en oncogenes -con capacidad potencial de causar cáncer-, junto al fracaso de los genes supresores de tumores.

Pero los últimos métodos de secuenciación avanzada han mostrado que la progresión del cáncer se debe a causas bastante más complejas que las mentadas. En esta línea, se ha podido comprobar que, a escala celular, los tumores son más heterogéneos de lo que pensaba hasta ahora y, por tanto, la interacción entre las células dentro del tumor es un factor muy relevante.

La investigación se ha centrado en estudiar a fondo esas interacciones hasta culminar en esta herramienta, PiCnIc -cuyas siglas corresponden a Pipeline for Cancer Inference-, la cual permite generar una imagen celular de la propagación del cáncer, gracias a un sistema de modelización que emplea datos de secuenciación genética. Así, PiCnIc tiene en cuenta diversos fenómenos, como la función e influencia de las mutaciones conductoras -conocidas también como “drivers”- o las alteraciones en el número de copias, entre otros.


LUCHANDO CONTRA EL SEGUNDO CÁNCER DE PULMÓN

Siendo el segundo cáncer con más incidencia en el planeta, resulta lógico que en la actualidad se estén llevando a cabo un gran número de investigaciones al respecto, tanto para predecir a tiempo la enfermedad, como para luchar contra ella.

Además de PiCniC, este 2016 se han logrado importantes avances en este terreno, como se ha encargado de recoger Saludigital.es. Uno de ellos ha sido el nuevo biochip de hidrogel 3D -todavía en desarrollo- que detecta el cáncer colorrectal, desarrollado por un grupo de científicos del Instituto de Física y Tecnología de Moscú (MIPT) y del Instituto de Biología Molecular Engelhardt.

El hidrogel del biochip se compone de células impresas en 3D y es capaz de identificar determinadas sustancias dentro del flujo sanguíneo, tales como autoanticuerpos -aquellos que ha creado el propio sistema inmune- y contra glicanos -asociados a tumores-, los cuales se hallan en las primeras fases del cáncer. La efectividad del dispositivo es del 95%, según apuntan los responsables del proyecto.

El equipo investigador de este nuevo software asegura que se trata de un modelo eficaz y destaca lo innovadora que resulta ser esta metodología, ya que “incorpora un modelo probabilístico que infiere el orden de los sucesos”
Igualmente este año, como publicó el pasado marzo la revista Clinical Cancer Research, se ha identificado nuevo fármaco contra el cáncer de colon metastásico, que consiste en un mix de anticuerpos fruto de una investigación internacional liderada por médicos españoles de entidades como el Hospital del Mar y el Instituto Hospital del Mar de Investigaciones Médicas (IMIM).

Los investigadores indican que Sym0004, que así se llama el compuesto, funciona tanto in vitro como in vivo, y es efectivo en los pacientes aunque haya mutaciones en EGFR, responsables de las resistencias que surgen durante los tratamientos con esta clase de terapias dirigidas.

Regresando al asunto principal de este artículo, tras varias comparaciones entre las predicciones que lleva a cabo PiCnIc y los conocimientos disponibles sobre el crecimiento del cáncer colorrectal, el equipo investigador ha constatado que este software se trata de un modelo eficaz, como celebra Moreno, quien además aplaude lo “innovadora” que resulta ser esta metodología, ya que “incorpora un modelo probabilístico que infiere el orden de los sucesos”.

PiCnIc cuenta con el apoyo de la Fundación Nacional de la Ciencia (NSF), el Instituto de Salud Carlos III, el Fondo Europeo de Desarrollo, la Asociación Española contra el Cáncer (AECC) y la Generalitat de Cataluña.
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