El pago medio de la hora de guardia varía según la Comunidad Autónoma, el año de residencia y el día que sea. Como norma general, la hora de guardia en día laboral se paga peor que en día festivo (festivo normal) o festivo especial (alrededor de seis días al año, en festividades como Navidad o Reyes). Con todo, esta norma no siempre se cumple, una vez que en regiones como Galicia no hay diferencia entre días, mientras que en otras como Extremadura, se cobra igual un festivo que un día especial. Según recoge el Centro de Estudios del Sindicato Médico de Granada con datos actualizados en abril de 2022, la Comunidad Autónoma que peor paga las guardias es Extremadura, con José María Vergeles liderando la Consejería de Salud. En Extremadura, un residente de cuarto o quinto año prácticamente lo mismo por una hora de guardia en día festivo especial (16,82 euros) que un R1 en Navarra en día laborable (16,29 euros). De media, un MIR extremeño recibe 14,78 euros por hora de guardia teniendo en cuenta todos los años de residencia y los tipos de días.
Con todo, pese a estar a la cabeza en las que peor pagan las guardias MIR, Extremadura no es la que peor salario base ofrece a los futuros médicos especialistas del SNS. Así, el salario base neto mensual de un MIR en Extremadura, tomando los cinco años de residencia, es de 1.201,60 euros, mientras que en Galicia esta cifra desciende hasta los 1.168,60 euros, siendo esta última comunidad la que peor sueldo ofrece, de media, a sus residentes.