El Ministerio de Sanidad ha publicado una nueva actualización sobre la situación epidemiológica de las variantes del SARS-CoV-2 en nuestro país. De acuerdo con la información recogida en este informe la variante Ómicron (B.1.1529, detectada originalmente en Sudáfrica) continúa ampliando su presencia en España reforzando la dominancia alcanza hace ya algunas semanas.
Los muestreos aleatorios mediante PCR específica han detectado en la semana 2 de 2022 (10 a 16 de enero de 2022), con datos de 14 comunidades autónomas, porcentajes entre el 79,6 y el 98,7% de la variante Ómicron. Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 1 de 2022 (3 a 9 de enero de 2022), el porcentaje se sitúa en 85,9%. La evidencia científica con la que se cuenta hasta el momento indica que Ómicron tiene mayor capacidad de escape inmune que las variantes anteriores, es más transmisible y provoca una enfermedad menos grave.
La variante Ómicron comprende los linajes BA.1 (muy mayoritario), BA.2 y BA.3. Presenta más de 30 mutaciones en el gen de la espícula (15 de ellas en el dominio de unión al receptor) además de numerosas mutaciones en otras regiones del genoma. Muchas de estas mutaciones estaban presentes en variantes ya detectadas previamente y varias se han relacionado con un aumento de la transmisibilidad o con un cierto grado de escape a la respuesta inmune. Entre las mutaciones descritas para los linajes BA.1 y BA.3 se encuentra la deleción 60-70 (presente también en Alfa), que produce el fallo de la amplificación del gen S con algunas técnicas de PCR. Esta mutación no está presente en el linaje BA.2.
La variante Ómicron comprende los linajes BA.1 (muy mayoritario), BA.2 y BA.3. Presenta más de 30 mutaciones en el gen de la espícula (15 de ellas en el dominio de unión al receptor) además de numerosas mutaciones en otras regiones del genoma
En los últimos días se ha puesto el foco en el aumento de casos provocado por el sublinaje BA.2. se han detectado casos en más de una treintena de países gracias a los esfuerzos de secuenciación genómica del virus. Por el momento, ninguno en España.
Hasta la aparición de Ómicron (fue identificada hace nueve semanas), Delta (B.1.617.2, detectada originalmente en India), era la variante dominante tanto a nivel global como en nuestro país. Una hegemonía que llegó a su fin en diciembre de 2021. Delta es más transmisible que su predecesora, la variante Alfa (B.1.1.7, detectada originalmente en Reino Unido), y presenta una ligera disminución de la eficacia de las vacunas contra la Covid-19.
De acuerdo con los muestreos aleatorios de casos compatibles con Delta estimado por PCR en la semana 2 de 2022 (10 a 16 de enero de 2022), con datos de 12 comunidades autónomas, el porcentaje se encontraba entre 1,2 y 9,3% (se observa un descenso en todas las comunidades respecto a la semana previa). Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 1 de 2022 (3 a 9 de enero de 2022), el porcentaje se sitúa en 13,5%.
De acuerdo con los datos de secuenciación asociada a muestreos aleatorios, el resto de variantes del virus se mantienen en niveles muy bajos de circulación. En las últimas cuatro semanas analizadas las otras variantes, en conjunto, alcanzan el 0,3% del total.