¿Cómo se desarrolla el trabajo en nuestro país?

Secuenciación genómica del SARS-CoV-2: monitorización de variantes en escenario de riesgo bajo

Analizamos las recomendaciones emitidas por la OMS y el ECDC en relación a la monitorización de variantes del SARS-CoV-2 y cómo se desarrolla este trabajo en nuestro país.

Muestras de sangre de pacientes infectados por el SARS-CoV-2 (Foto. Freepik)
Muestras de sangre de pacientes infectados por el SARS-CoV-2 (Foto. Freepik)

time 7 min

12.10.2021 - 17:45

Desde julio de 2020 España no conseguía situar su incidencia acumulada a 14 días por debajo de los 50 casos. Actualmente el dato es de 46,08 por lo que el riesgo de transmisión en nuestro país es bajo. Momento al que ha contribuido sin lugar a dudas el buen ritmo de vacunación contra la Covid-19 y ahora el objetivo es continuar descendiendo en un escenario en el que la mayoría de las comunidades autónomas han eliminado las medidas y restricciones destinadas al control de la pandemia.

El temor al que se enfrentan ahora los países es a la aparición de nuevas variantes del SARS-CoV-2 que puedan contar con una mayor capacidad de escape inmunitario. A pesar de que cada vez son más los países que están consiguiendo controlar la transmisión del virus, son aún muchas las naciones que apenas han avanzando sus programas de inmunización. Situación que permite que el virus continúe mutando y circulando, incrementando de esta forma las posibilidades de aparición de nuevas variantes.

En este punto ponemos el foco en la importancia que juega la secuenciación genómica del virus. Desde el inicio de la pandemia la Organización Mundial de la Salud (OMS) han reiterado en numerosas ocasiones su papel fundamental para conocer no solo cómo se está moviendo el virus, sino para discernir cuáles son las variantes que pueden implicar un riesgo real para la salud pública global.

La OMS ofrece múltiples documentos y guías que tienen como misión orientar a los países en esta necesaria labor de crucial importancia global. En términos de vigilancia epidemiológica sistemática, es necesario focalizar los esfuerzos en las estrategias de muestreo que variarán en función de los objetivos nacionales de vigilancia de las variantes. Estos objetivos pueden ser:

  • Detección de variantes que circulan a niveles bajos.  
  • Monitorización de la prevalencia relativa de variantes a través del tiempo y las zonas geográficas.
  • Investigación de casos particulares de interés para la salud pública.

En base a estos, la OMS indica que los dos primeros objetivos pueden alcanzarse mediante vigilancia sistemática de una muestra aleatorizada mientras que el tercero, requiere de una muestra selectiva. Para los países con alta capacidad de secuenciación, los objetivos prioritarios deben ser la detección de variantes y  la monitorización de la prevalencia relativa de variantes. En el caso de los países con baja capacidad de secuenciación deberían centrarse en la monitorización de la prevalencia de variantes.

El muestreo representativo aleatorizado puede definirse como una selección de un subconjunto de una población de interés determinada, representativo de la situación de esa población. Los criterios que deben tenerse en cuenta para que la muestra sea representativa son, al menos, la edad, el sexo, el espectro clínico y la distribución geográfica.

Al realizar la vigilancia genómica, es importante tener en cuenta el intervalo de tiempo entre la infección y el momento en que se dispone de los datos sobre la secuencia

Al realizar la vigilancia genómica, es importante tener en cuenta el intervalo de tiempo entre la infección y el momento en que se dispone de los datos sobre la secuencia. Algunos de los factores que alargan ese intervalo son los retrasos que se producen entre la recogida de muestras y su recepción en el laboratorio de secuenciación; el tiempo de procesamiento en el laboratorio; el análisis bioinformático, y el tiempo necesario para proporcionar datos a las autoridades de salud pública o para publicar, en bases de datos públicas, datos sobre la secuencia. Deberían realizarse esfuerzos para evitar retrasos en las acciones de cada etapa. Si se recogen sistemáticamente muestras de vigilancia en un intervalo de tiempo fijo y repetitivo, podrán actualizarse de forma regular los datos que llegan con retraso. Como la prevalencia relativa de variantes puede cambiar rápidamente, se recomienda la recolección regular de muestras, preferiblemente cada semana. Eso también permite que las series cronológicas ofrezcan una representatividad altamente dinámica.

El Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC, por sus siglas en inglés) ha publicado orientaciones detalladas sobre los cálculos del tamaño de la muestra para detectar y monitorear la proporción de variantes que circulan a niveles bajos, con cuadros que representan el tamaño de la muestra requerido en función de diversas situaciones y parámetros, y las ecuaciones subyacentes para facilitar la replicación del proceso.

Algunas consideraciones que deben tenerse en cuenta al definir una muestra son:

Nivel de precisión/sensibilidad de detección

  • Para detectar una variante que circula a un nivel bajo (por ejemplo, un 1%) se requerirá una muestra más grande que para detectar otra que circula a un nivel más alto.
  • Para poder detectar un cambio del 2,5% al 5% en la prevalencia relativa de una variante se requerirá una muestra mayor que para detectar un cambio del 2,5% al 10%.

Nivel de confianza requerido (por ejemplo, 95% de confianza).

Nivel de transmisión dentro del país (se requerirá una muestra más grande cuando la incidencia sea alta y haya muchas personas infectadas por SARS-CoV-2).

Si se recogen sistemáticamente muestras de vigilancia en un intervalo de tiempo fijo y repetitivo, podrán actualizarse de forma regular los datos que llegan con retraso

Se requiere una unidad de tiempo de muestreo (muestreo regular, sistemático: semanal, cada dos semanas o cada mes) ya que la prevalencia relativa de los linajes puede variar rápidamente.

¿CÓMO SE DESARROLLA LA SECUENCIACIÓN EN ESPAÑA?

El 19 de enero la Comisión Europea (CE) publicaba un comunicado instando a los países a aumentar la tasa de secuenciación, al considerar que los esfuerzos que se venían realizando no eran suficientes para un control eficiente de la propagación de las variantes. De este modo se solicitó a los Estados miembros secuenciar al menos el 5%, y preferiblemente el 10%, de los resultados positivos de las pruebas de COVID-19, minimizar los retrasos en los resultados y garantizar que estos datos se compartieran, para poder realizar comparaciones.

La biología del SARS-CoV-2, al igual que el resto de los virus, lleva implícita cambios constantes en su genoma a través de mutaciones, por lo que la aparición de variantes es un hecho esperado y no es en sí mismo un motivo de preocupación, tal y como recoge el Ministerio de Sanidad en su documento “Integración de la secuenciación genómica en la vigilancia del SARS-CoV-2”.

El referido documento de Sanidad al inicio de estas líneas contempla una serie de objetivos que debe perseguir la integración de la secuenciación en la vigilancia:

  • Determinación de la incidencia de las variantes de interés para la salud pública en el conjunto de la población.
  • Identificación precoz de nuevas variantes de SARS-CoV-2 de interés para la salud pública que presenten:

· Aumento de la transmisibilidad.

· Aumento de la virulencia.

· Disminución de la efectividad de las medidas de control, los tratamientos, los métodos diagnósticos o la inmunidad adquirida mediante infección previa o mediante vacunación.

  • Apoyar la caracterización genómico-virológica y epidemiológica de las variantes.

Se realizará un muestreo aleatorio y representativo de las muestras analizadas correspondiendo el 80% de ellas a muestras procedentes de Atención Primaria y el 20% a muestras procedentes de Atención Hospitalaria

Para una correcta integración de la secuenciación genómica dentro del sistema de vigilancia epidemiológico se debe tener en cuenta:

  • La información generada debe tener como objetivo la toma de decisiones de salud pública.
  • Se ha establecido una Red de laboratorios de referencia para desarrollar y operativizar los objetivos planteados:

a) Los laboratorios de referencia que participan en esta vigilancia deberán estar coordinados por las autoridades sanitarias de salud pública de cada CC.AA., quienes han designado los laboratorios que forman parte de esta Red.

b) La Red será coordinada por el Ministerio de Sanidad en colaboración con las CC.AA. y el ISCIII. El Centro Nacional de Microbiología (CNM) del ISCIII coordinará los aspectos virológicos para lo que se cuenta con un Comité Técnico Coordinador. Este Comité revisará de forma periódica qué información obtenida mediante secuenciación genómica se considera relevante para ser notificada a través del sistema de vigilancia y asistirá al resto de miembros de la Red en la definición de las técnicas, protocolos y procedimientos que se van a utilizar para garantizar que los resultados sean comparables a nivel nacional.

c) El Centro Nacional de Microbiología del ISCIII prestará apoyo para realizar la secuenciación y análisis bioinformático a aquellas CC.AA. que no dispongan de suficiente capacidad.

d) Para cumplir con los objetivos de vigilancia genómica a nivel nacional e informar según establece la OMS y ECDC, al menos una parte representativa de las secuencias que se ajusten a criterios de calidad internacional se compartirán con el Centro Nacional de Microbiología según se establezca. El Centro Nacional de Microbiología será el responsable de la comunicación de los resultados de secuenciación a los organismos de vigilancia internacionales (OMS, ECDC).

SELECCIÓN DE MUESTRAS PARA SECUENCIACIÓN

Se realizará un muestreo aleatorio y representativo de las muestras analizadas correspondiendo el 80% de ellas a muestras procedentes de Atención Primaria el 20% a muestras procedentes de Atención Hospitalaria.

Se deberá tener en cuenta también que las muestras no procedan de un mismo origen (por ejemplo, muestras pertenecientes a un mismo brote) y que sean seleccionadas independientemente de los posibles resultados en PCRs específicas capaces de detectar determinadas mutaciones. También las muestras de viajeros deberían excluirse expresamente de este muestreo aleatorio.

Los criterios para la selección de muestras en este tipo de muestreo serán establecidos por los responsables de Salud Pública de cada comunidad autónoma. El número mínimo de muestras secuenciadas dependerá de la incidencia de cada territorio. Como norma general, el objetivo es alcanzar al menos entre un 5 y un 10% de los casos diagnosticados.

Porque salud necesitamos todos... ConSalud.es

Escribir un comentario (0)

Recibe la Newsletter de ConSalud.es

Todos los días y de forma gratuita la newsletter con toda la información del sector sanitario

Esta web utiliza 'cookies' propias y de terceros para ofrecerte una mejor experiencia y servicio. Más información Acepto