Desde los comienzos de la pandemia de Covid-19, Andalucía cuenta con un circuito asistencial "estable y coordinado" para la secuenciación genómica de muestras de coronavirus. Este circuito, explica la Junta de Andalucía, ha permitido "analizar, controlar y monitorizar en tiempo real las características del virus y su incidencia en la comunidad autónoma". Desde que se instaurara y hasta el día de hoy, se han secuenciado 30.000 muestras del virus.
"Este circuito, único en el país, ha sido destacado en una publicación científica como una iniciativa eficaz en el abordaje, no solo de la pandemia, sino ante futuras pandemias y alertas de salud pública en enfermedades infecciosas". El dispostivo, puesto en marcha por la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, – con el soporte del Servicio Andaluz de Salud –, ha permitido identificar y analizar las muestras, tomadas directamente de los pacientes infectados, detectándose la presencia de las variantes más comunes (alfa, beta, beta, delta, ómicron, etc.) y de 193 de sus linajes y sublinajes a lo largo de toda la pandemia, conteniendo así un registro epidemiológico extremadamente detallado que da cuenta del paso del virus por Andalucía, informa la Junta. La iniciativa se enmarcha en la integración de la secuenciación genómica del SARS-CoV-2 en las tareas de vigilancia realizadas por el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía.
Además, gracias a esta secuenciación genómica, se puede realizar un estudio filogenético del virus, mostrando las mutaciones que experimenta a lo largo del tiempo, sus características y sus posibles relaciones con variantes de otros países o localidades, lo que facilita detectar las introducciones de virus y las cadenas de transmisión. Los resultados de la progresión de este trabajo están disponibles públicamente en esta página web. La utilidad de este circuito también se ha puesto de relieve en otra publicación científica que ha visto la luz recientemente en la revista Viruses. En este, se presenta un estudio único en su género, donde los datos genómicos de las muestras analizadas junto a los datos clínicos de la Base Poblacional de Salud permiten obtener valiosa información como qué linajes son más patogénicos.
Gracias a la secuienciación genómica ha mejorado el diagnóstico clínico de las enfermedades infecciosas
Este circuito es posible gracias a los dos hospitales de referencia designados para la secuenciación de los genomas del virus. Se trata de los Servicios de Microbiología del Hospital Universitario Virgen del Rocío de Sevilla (donde se secuencian las muestras de Cádiz, Córdoba, Huelva y Sevilla) y del Hospital Universitario Clínico San Cecilio de Granada (encargado de Almería, Granada, Jaén y Málaga). "La información obtenida se analiza en la Plataforma de Medicina Computacional (antigua Área de Bioinformática Clínica) de la Fundación Progreso y Salud, en donde se interpreta y se configura un mapa epidemiológico del virus, un trabajo impulsado por la Secretaría General de Salud Pública e I+D+i en Salud de la Consejería de Salud y Consumo".
"Hasta llegar a estos centros de referencia, otros hospitales y centros de Atención Primaria son eslabones de la cadena que trabajan de forma coordinada con el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía, integrado por los profesionales de Salud Pública de los distritos y hospitales, Epidemiología de las Delegaciones Territoriales Provinciales y Servicio de Vigilancia y Salud Laboral", apunta Andalucía.
Gracias a la incorporación de estas técnicas, ha sido posible "mejorar el diagnóstico clínico de las enfermedades infecciosas y, además de indentificar patógenos con más precisión que recurriendo a las técnicas tradicionales, la secuenciación genómica puede proporcionar nuevos conocimientos sobre la transmisión de enfermedades, la virulencia y la resistencia a los antimicrobianos". En definitiva, la técnica tiene aplicaciones en diversas áreas, como pueden ser la virología, bacteriología, resistencia antibiótica y epidemiología y salud pública.
Para el director de la Plataforma de medicina Computacional de la Fundación Progreso y Salud, Joaquín Dopazo, secuenciar al genoma del virus "es como leer el libro de instrucciones para descifrar su funcionamiento", lo cual "permite comparar cada libro de instrucciones y ver semejanzas y diferencias entre ellos que se pueden relacionar con su mayor o menor transmisibilidad o incluso con diferentes sintomatologías de los pacientes".